ggtree怎么读入文件
进化树的可视化软件非常多，其中R包 ggtree 功能非常强大，非常灵活，简单记录自己的学习笔记第一步：使用 mafft 比对氨基酸序列mafft --auto ggtree_pra_2.fasta > ggtree_pra_aligned.fasta第二步：使用 FastTree 构建最大似然树./FastTree ggtree_pra_aligned.fasta > ggtree_pra.tree(以最简单的方式完成建树过程，因为主要目的是获得树文件来进行ggtree的学习，实际的建树过程应该比这个复杂的多，自己还有好多地方需要进一步的学习)getwd()#查看当前工作路径setwd("../Python_practice/a_kind_of/")#更改至树文件所在路径library(ggtree)#加载ggtreetree<-read.tree("ggtree_pra.tree")#读入树文件ggtree(tree)#绘制进化树（以上就是最基本的步骤）
作者：牧羊的男孩儿
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使用磁盘操作系统命令读入文件
用java软件来读
https://www.baidu.com/link?url=bxAbtPUXb1McRVzBhIxME0t9vnrcS9tvUjnFGI6dXgwU0regw7sT2f8Tzw39m_qhG2S3nD80RhJgSGNCKEvUZ_&wd=&eqid=c3235d710001b123000000025bb7930c
https://www.plob.org/article/12853.html
直接绑定数据源吧
你可以用java软件来读入
1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556 import java.io.RandomaccessFile;import java.util.ArrayList;import java.util.List; /** * 2015年12月17日上午9:43:48 * * @author hp TODO 按行读取文件内容 * */public class ReadLine { private static String fileName = "D://list.txt";// 读取文件位置 private List<String> list = new ArrayList<String>();// 存放文件内容 /** * 显示文件所有内容 */ private void displayList() { for (int index = 0; null != list && index < list.size(); index++) { System.out.println(list.get(index)); } } /** * 将文件内容按行读取存放到List里面 * * @param fileName * 文件名 */ public void initList(String fileName) { try { RandomaccessFile accessFile = new RandomAccessFile(fileName, "r"); String str = ""; while (null != (str = accessFile.readLine())) {// 每次读取一行 list.add(str); } accessFile.close(); } catch (Exception e) { // TODO: handle exception e.printStackTrace(); } } public static void main(String[] args) { ReadLine rl = new ReadLine(); rl.initList(fileName); rl.displayList(); } }
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