怎样用FSL提取杏仁核亚区的时间序列
我想做杏仁核分亚区和其他脑区的功能连接，但是不会用FSL提取杏仁核亚区的时间序列，请大神指导
试验采用重复测量的自身前后对照设计，受试者分别参加2次试验，入组后首先安排1次剥夺前功能磁共振扫描。正式试验时，受试于前1天下午3:00进入试验室，完成剥夺前生理、心理各项测试，晚上9:00后正常睡眠，第2天早上6:00起床后开始完全睡眠剥夺，至第3天晚上12:00前再次进行功能磁共振扫描后结束试验，共计42 h。睡眠剥夺试验在专用睡眠试验室和医疗监护条件下进行，由研究人员全程陪伴，统一管理饮食，受试者不允许离开试验室，不允许从事剧烈活动。磁共振扫描均在解放军总医院磁共振室进行。试验开始前先进行准备工作 (去除受试身上金属物品，戴鞋套、耳塞等)，受试者平躺于磁共振扫描仪内，头部衬垫海绵块固定。研究采用 GE 公司 3.0T(Signa-HD) 磁共振成像系统，使用正交线圈采集MRI信号。在静息扫描期间，要求受试者闭眼、尽量保持头部静止不动、不要想任何事情。在扫描过程中观察并同步记录受试者的心率和呼吸频率，用于在后期数据处理中利用线性回归去除心跳和呼吸对功能磁共振信号的影响。静息功能磁共振扫描采用平面回波成像(echo-planar imaging，EPI)序列共采集189帧图像，采集参数如下：重复时间=2 000 ms，回波时间=30 ms，视野=256×256 mm，层厚=5 mm,层间距=1 mm，翻转角=90°，采集矩阵=64×64，层数=20。高分辨率T1结构像采用SPGR序列采集，采集参数如下：层厚=1 mm，翻转角=25°，采集矩阵=256×256，视野=240×240 mm。为了保证受试者在静息扫描期间不睡着，在每次扫描前都通过麦克风提醒受试者保持清醒，每次扫描后都询问受试者是否在扫描中保持清醒，所有受试者确认在扫描过程中保持清醒。所有磁共振数据采用AFNI(http://afni.nimh.nih.gov/afni/)、FSL5.0SPM8软件包进行处理。对于静息态fMRI数据，为了消除扫描初期的磁饱和影响，在数据预处理前首先丢弃10帧图像。然后去掉呼吸及心跳噪声，由于1名受试者的生理信号数据不完整，在后期的数据分析中只有13名受试者。剩下的数据预处理步骤包括 去除尖峰数据、时间校正、头动校正以及功能像和结构像之间的配准。头动校正结果表明所有受试者在x、y和z轴方向上的位移都不超过1 mm，旋转均不超过1°。利用SPM8的New Segment工具对所有受试者的T1结构像进行分割，获得每名受试者的白质、灰质和脑脊液区域图像。然后将白质、脑脊液信号、线性漂移以及6个头动参数及对应的一阶微分信号去除。最后通过带通滤波获得频率在0.015~0.1 Hz之间的全脑时间序列。手动将每名受试者的T1结构像转换到Talairach空间，然后将完成预处理的静息态fMRI数据转换到Talairach空间。我们在功能连接分析中将杏仁核分为三部分，采用FSL中的Juelich脑区模版来进行感兴趣区域定位，然后将感兴趣区域的平均时间序列与全脑体素的时间序列进行Pearson相关分析，由此得到全脑体素和种子点的皮尔逊相关系数模式图。再利用Fisher Z变换对每个体素的相关系数进行标准化并通过半高宽为6 mm 的高斯核函数对数据进行平滑处理。采用心境状态量表(profile of mood states,POMS)来测量受试者的情绪状态。POMS量表有6个维度，分别是紧张-焦虑、抑郁-沮丧、愤怒-敌意、疲劳、困惑以及精力。POMS量表的总分等于前5个因子得分减去精力因子得分。利用全脑体素水平的单样本t检验得到睡眠剥夺前后不同种子点的全脑功能连接模式图(P < 0.01,alphasim校正)。采用配对双样本t检验比较睡眠剥夺前后种子点功能连接模式的差异(P < 0.05,alphasim校正)。配对t检验表明，在静息态功能磁共振扫描期间，受试者的呼吸[睡眠剥夺状态：(18.42±2.62)/min，正常状态：(19.01±2.42)/min]和心跳[睡眠剥夺状态：(72.00±6.61)/min，正常状态：(68.42±7.62)/min]差异无统计学意义(P>0.05)，两组之间的头动参数差异也无统计学意义(P>0.05)。睡眠剥夺后的POMS总分显著高于睡眠剥夺前(P < 0.01)。热门标签：